Florianópolis abriga a Sede da Epagri, que é responsável por planejar, supervisionar, coordenar e controlar as atividades relacionadas à execução de pesquisa agropecuária, assistência técnica e rural. Esse trabalho é realizado pelas Unidades Administrativas que dão suporte a Diretoria Executiva.
Responsável pelas atividades de assistência técnica e extensão rural. Esse trabalho é realizado pelas Gerências Regionais, Escritórios Municipais e Centros de Treinamento.
Responsável pelas atividades de pesquisa agropecuária. Esse trabalho é realizado por Centros Especializados, Estações Experimentais e Campos Experimentais.
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